Das PEUTINGER-COLLEGIUM organisiert sich aus dem Präsidium, dem Großen Rat und dem Convent (Mitgliederversammlung).

Das Präsidium besteht aus dem Präsidenten, dem Co-Präsidenten, dem Schatzmeister und zwei Beisitzern. Es ist für die laufenden Geschäfte und die gerichtliche und außergerichtliche Vertretung des PEUTINGER-COLLEGIUMS verantwortlich. Ergänzt wird das Präsidium derzeit von fünf kooptierten Präsidiumsmitgliedern, die jedoch kein Stimmrecht im Präsidium haben.

Das Präsidium ist ein Kollegialorgan, in welchem jedem Präsidiumsmitglied ein Geschäftsbereich zugewiesen ist. Der Präsident, der Co-Präsident und der Schatzmeister vertreten jeweils einzeln.

Tilman Röder (Präsident)
Dr. Gabriele Jahn (Co-Präsidentin)
Birgit Patzak (Schatzmeisterin)
Dr. Andreas Bachmeier (Beisitzer)
Andreas Reg (Beisitzer)

Kerstin Gündra (kooptiertes Mitglied)
Christian Riehl (kooptiertes Mitglied)