Das PEUTINGER-COLLEGIUM organisiert sich aus dem Präsidium, dem Großen Rat und dem Convent (Mitgliederversammlung).
Der Große Rat setzt sich zusammen aus bis zu 15 Prokuratoren, den Präsidiumsmitgliedern und dem Vorsitzenden der Jungen Peutinger. Die Prokuratoren werden vom Convent auf die Dauer von fünf Jahren gewählt und ihnen werden in der Regel bestimmte Aufgaben oder Funktionen übertragen. Als Prokurator wählbar ist jedes Mitglied (Conventor) des PEUTINGER-COLLEGIUMS.
Der Große Rat wählt und kontrolliert das Präsidium (drei Jahre Amtszeit), beschließt über die Finanzen sowie Satzungsänderungen und bestimmt die Grundlinien des PEUTINGER-COLLEGIUMS jeweils nach dem Kollegialitätsprinzip.
